Incapacidad médica no pagada: quién debe pagarla y cómo reclamar

Médico con bata blanca y estetoscopio escribiendo en su consultorio

Te incapacitaron, entregaste el certificado y pasaron las semanas sin que llegara un solo peso. Es una de las quejas más repetidas del sistema de salud colombiano y casi siempre nace del mismo enredo: nadie te explica quién paga qué. El empleador dice que le toca a la EPS, la EPS dice que el certificado está mal transcrito y el fondo de pensiones dice que todavía no es su turno.

La buena noticia es que el reparto está definido por norma y no depende de la buena voluntad de nadie. Aquí tienes el mapa completo, tramo por tramo, y la ruta para reclamar cuando alguno de los tres se hace el desentendido.

Quién paga la incapacidad según los días

Para incapacidades de origen común (enfermedad general, la mayoría de los casos) el reparto es el siguiente:

  • Días 1 y 2: los asume el empleador. No los paga la EPS.
  • Días 3 al 90: los paga la EPS, al 66,67% del ingreso base de cotización.
  • Días 91 al 180: los sigue pagando la EPS, pero al 50%.
  • Días 181 al 540: los asume el fondo de pensiones (tu AFP o Colpensiones), previo concepto de rehabilitación emitido por la EPS.

Si la incapacidad es de origen laboral (accidente de trabajo o enfermedad laboral calificada), el panorama cambia por completo: responde la ARL y reconoce el 100% del ingreso base de cotización desde el día siguiente al accidente. Por eso pelear la calificación del origen no es un detalle burocrático, es plata.

Dato clave. Ninguna incapacidad puede pagarse por debajo de un salario mínimo legal mensual vigente. Si ganas el mínimo, aplicar el 66,67% te dejaría por debajo del piso legal, así que te deben el 100%.

Por qué las EPS terminan no pagando

En la práctica, el no pago casi nunca se sustenta en que "no hay derecho". Se sustenta en trámites. Estas son las excusas más frecuentes y lo que hay detrás de cada una:

  • "La incapacidad no está transcrita." Cuando el certificado lo expide un médico particular o de una IPS que no es de la red, la EPS exige transcribirlo. Es un trámite de la EPS, no tuyo, y no puede convertirse en una barrera indefinida.
  • "Hay mora en los aportes." Si eres empleado, la mora del empleador no puede castigarte a ti: el llamado a responder es quien no cotizó. Si eres independiente, sí necesitas estar al día.
  • "Falta el concepto de rehabilitación." Esta es la trampa clásica del día 180. La EPS debe emitir ese concepto y remitirlo al fondo de pensiones antes del día 120. Si no lo hizo a tiempo, le toca seguir pagando a ella.
  • "El diagnóstico no corresponde." La EPS no puede desconocer un criterio médico sin sustento técnico. Pide por escrito el fundamento de la negativa.

Los documentos que debes reunir antes de reclamar

Un reclamo con soportes se responde distinto a uno sin ellos. Antes de radicar, ten a la mano:

  1. Copia del certificado de incapacidad (todos, si son prórrogas encadenadas).
  2. Historia clínica o epicrisis que respalde el diagnóstico.
  3. Certificado laboral con salario y fecha de ingreso, o planillas de aportes si eres independiente.
  4. Constancia de que radicaste la incapacidad ante la EPS o el empleador, con fecha.
  5. Si te negaron el pago, la respuesta escrita con la razón alegada.

Guarda todo en digital. La mayoría de estos trámites hoy se radican en línea y te van a pedir adjuntar.

Cómo radicar el reclamo paso a paso

El camino es escalonado y cada escalón tiene su plazo:

  1. Derecho de petición a la EPS. Es el paso obligado. La entidad tiene quince (15) días hábiles para responder de fondo, según la Ley 1755 de 2015. Pide de forma expresa el pago del auxilio, el detalle de la liquidación y, si niegan, el sustento normativo.
  2. Reclamo paralelo al empleador si lo que está pendiente son los dos primeros días o si el empleador ya cobró a la EPS y no te transfirió el dinero.
  3. Queja ante la Superintendencia Nacional de Salud si vencido el plazo no hay respuesta o la respuesta es evasiva. La Supersalud tiene facultades jurisdiccionales y puede ordenar el pago.
  4. Acción de tutela cuando el no pago compromete tu mínimo vital, es decir, cuando esa plata era tu sustento. La tutela se resuelve en diez (10) días y no necesitas abogado.

Importante. No dejes que pase el tiempo. Entre más meses transcurran desde la incapacidad, más difícil resulta reconstruir soportes y más fácil le queda a la entidad alegar términos vencidos. Radica apenas se venza el pago.

El punto crítico: el día 180 y el concepto de rehabilitación

La mayoría de los casos que terminan en tutela son incapacidades prolongadas que cruzan el día 180. Lo que suele pasar es esto: la EPS deja de pagar en el día 181 alegando que ya no le corresponde, y el fondo de pensiones se niega a asumir porque nunca recibió el concepto de rehabilitación.

El usuario queda en tierra de nadie, sin salario y sin auxilio. La regla que debes citar es simple: si la EPS no emitió y remitió oportunamente el concepto de rehabilitación al fondo de pensiones, la obligación de seguir pagando se mantiene en cabeza de la EPS. No es un vacío legal, es un incumplimiento con consecuencias.

Si estás en ese escenario, radica el mismo reclamo ante las dos entidades el mismo día y guarda ambos radicados. Eso evita que cada una te devuelva a la otra.

Si eres trabajador independiente

El reconocimiento existe igual, pero con dos exigencias adicionales: debes estar al día en los aportes al momento de la incapacidad y haber cotizado de forma continua durante el periodo mínimo que exija tu EPS. El pago se calcula sobre el ingreso base de cotización que hayas reportado, así que subcotizar hoy se traduce en un auxilio menor mañana.

Un detalle que muchos ignoran: si pagaste tus aportes de forma extemporánea pero la EPS los recibió sin objeción, esa aceptación juega a tu favor al momento de reclamar.

Importante. OpinaFlow es una herramienta gratuita para ayudarte a redactar y radicar tus reclamos. No somos una firma de abogados, y este artículo es información general, no asesoría jurídica.

Si tu EPS también te tiene esperando por citas o medicamentos, revisa nuestra guía sobre cómo reclamar cuando la EPS no entrega medicamentos. Y si lo que necesitas es entender cuál herramienta te sirve más para tu caso, lee tutela o derecho de petición: cuál usar y cuándo. Para el frente pensional, tenemos el derecho de petición a Colpensiones.

Preguntas frecuentes

¿Quién paga los dos primeros días de incapacidad?

Los dos primeros días de una incapacidad por enfermedad general los asume el empleador. A partir del tercer día y hasta el día 90 el pago corre por cuenta de la EPS. Si eres trabajador independiente, tú cotizas y la EPS reconoce el auxilio desde el tercer día, siempre que estés al día en tus aportes.

¿Cuánto me deben pagar por una incapacidad?

Entre el día 3 y el día 90 corresponde el 66,67% del ingreso base de cotización. Entre el día 91 y el 180 baja al 50%. En ningún caso el pago puede quedar por debajo de un salario mínimo legal mensual vigente, así que si ganas el mínimo debes recibir el 100%.

¿Qué pasa después de 180 días de incapacidad?

A partir del día 181 y hasta el 540 el pago lo asume el fondo de pensiones (AFP o Colpensiones), siempre que la EPS haya emitido el concepto de rehabilitación favorable y lo haya remitido a tiempo. Si la EPS no emitió ese concepto oportunamente, le corresponde a ella seguir pagando.

¿Qué hago si la EPS no me responde el reclamo?

La EPS tiene quince (15) días hábiles para responder tu petición según la Ley 1755 de 2015. Si no responde o niega el pago sin fundamento, puedes escalar el caso ante la Superintendencia Nacional de Salud y, cuando el no pago afecta tu mínimo vital, presentar una acción de tutela.

¿Quién paga si la incapacidad es por un accidente de trabajo?

En ese caso no responde la EPS sino la ARL, y el reconocimiento es del 100% del ingreso base de cotización desde el día siguiente al accidente. Por eso es clave que el origen de la incapacidad quede bien calificado: laboral o de origen común.

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